臺東縣海端鄉新武呂西發源於中央山脈大關山、小關山、卑南主山 、三叉山 、向陽山 、布拉克桑山一帶，主要支流包括大崙溪、霧鹿溪和布拉克桑溪，三條支流在新武部落附近匯流後，在池上鄉流入卑南溪，經關山鎮、鹿野鄉、卑南鄉、台東市而出海。 本保護區範圍自新武呂溪初來橋起，往上游經新武橋至支流大崙溪的拉庫拉庫溫泉，另一支流霧鹿溪至利稻橋，以及另一支流布拉克桑溪5公里處，總長度37.1公里，面積合計約292公頃。根據野生動物保育法施行細則，在區分為核心區、 緩衝區和永續利用區，核心區約27.8公里面積約92公頃，禁止進入。 緩衝區3.6公里，面積39公頃，可做為教育場所。永續利用區5.7公里，面積約156公頃，在魚類族群許可下，可訂定垂釣規定，適度開放民眾垂釣。 本溪自然而多樣，具有各型深潭、 急瀨、平流的水域，以及巨石、卵石、泥砂等底質環境，提供各類生物在各個生活時期的需要，水質清澈，石塊的細微底藻類與石蠅、石蛾等水棲昆蟲生長良好，為高身鏟?魚、台灣鏟?魚、台東爬岩?的主要食物。溪流連通到海，適合日本禿頭鯊、鱸鰻、毛蟹等洄游性動物與繁殖。常見何氏棘?等肉食性魚類與高身鏟?魚混群活動，說明此溪流生態體系的完整與複雜性。