局長下設：副局長二人、主任秘書一人、督察長一人。
五個直屬隊：刑事警察大隊、交通警察隊、保安警察隊、 少年警察隊、婦幼警察隊。
七個課：保安民防課、行政課、訓練課、 後勤課、戶口課、外事課、鑑識課。
七個室：督察室、人事室、會計室、 秘書室、公共關係室、保防室、 資訊室。
二個中心：勤務指揮中心、民防管制中心。
四個分局：臺東分局、 關山分局、 成功分局、 大武分局。

分局下所設的部門: 警備隊、偵查隊、業務組、勤務中心、分駐所、派出所、警勤區。